|
|
Kinetická analýza enzymové aktivity modelových hemových senzorových proteinů
Prošková, Veronika
CZ Předkládaná disertační práce se zabývá studiem hemových senzorových proteinů, které detekují plynné molekuly. Tyto proteiny se nachází především v bakteriálních systémech, kde se podílí na regulaci procesů, jako např. sporulace, rezistence k antibiotikům a další. Hemové senzorové proteiny jsou tvořeny dvěma doménami - senzorovou, která obsahuje molekulu hemu, jenž interakcí s plynnými molekulami ovlivňuje aktivitu druhé, funkční domény. Součástí této práce je rešerše, která shrnuje poznatky ohledně problematiky hemových senzorů. V další části jsme se zaměřili na studium tří senzorových hemoproteinů, a to histidinkinasy AfGcHK, diguanylátcyklasy YddV a fosfodiesterasy EcDOS. Hlavním cílem předkládané práce bylo objasnit mechanismus intraproteinového/interdoménového přenosu signálu u hemových senzorových proteinů s globinovým uspořádáním senzorové domény (AfGcHK a YddV) s použitím kinetické analýzy enzymové aktivity a metod strukturní biologie. Dalším cílem bylo prozkoumat interproteinový přenos signálu mezi proteinem AfGcHK a jeho interakčním partnerem RR proteinem. V neposlední řadě byl zkoumán vlivu sulfidu sodného na katalytické vlastnosti proteinů EcDOS, AfGcHK. Výsledky kinetické analýzy odhalily, že redukce hemového železa a absence hemu v senzorové doméně výrazně snižuje enzymovou aktivitu...
|
|
|
Study of mechanism of signal transduction in case of two model heme-containing sensor proteins
Mihalčin, Peter ; Martínková, Markéta (vedoucí práce) ; Kavan, Daniel (oponent)
Hemové senzorové proteíny, ktoré detekujú plynné molekuly tvoria skupinu proteínov prítomných v signálnych dráhach baktérií. Precízna regulácia fyziologických funkcií ako medzibunková komunikácia či produkcia biofilmu je zásadná pre prežitie baktérií a ich adaptáciu na okolité podmienky. Hemové senzorové proteíny detekujú koncentráciu plynných molekúl v okolitom prostredí senzorovou doménou (ktorá obsahuje molekulu hemu ako vlastné detekčné miesto) a prenášajú signál na funkčnú doménu, ktorá pomáha riadiť adaptáciu fyziologických procesov. Tieto procesy často patogénneho prejavu prispievajú k rozšírenej rezistencií baktérii voči antibiotikám. Hemové senzorové proteíny sa javia ako nový terapeutický objekt v antimikrobiálnej liečbe. Za účelom realizácie tohto typu terapie je najskôr nutné pochopiť presný mechanizmus intramolekulárneho prenosu signálu hemovými senzorovými proteínmi. Jeden z prístupov ako odhaliť tieto mechanizmy je štúdium modelových signálnych proteínov. Táto diplomová práca je zameraná na výskum prenosu signálu dvoma modelovými hemoproteínmi s globínovou štruktúrou senzorovej domény, ktoré detekujú kyslík.
|
|
|
Kinetická analýza enzymové aktivity modelových hemových senzorových proteinů
Prošková, Veronika
CZ Předkládaná disertační práce se zabývá studiem hemových senzorových proteinů, které detekují plynné molekuly. Tyto proteiny se nachází především v bakteriálních systémech, kde se podílí na regulaci procesů, jako např. sporulace, rezistence k antibiotikům a další. Hemové senzorové proteiny jsou tvořeny dvěma doménami - senzorovou, která obsahuje molekulu hemu, jenž interakcí s plynnými molekulami ovlivňuje aktivitu druhé, funkční domény. Součástí této práce je rešerše, která shrnuje poznatky ohledně problematiky hemových senzorů. V další části jsme se zaměřili na studium tří senzorových hemoproteinů, a to histidinkinasy AfGcHK, diguanylátcyklasy YddV a fosfodiesterasy EcDOS. Hlavním cílem předkládané práce bylo objasnit mechanismus intraproteinového/interdoménového přenosu signálu u hemových senzorových proteinů s globinovým uspořádáním senzorové domény (AfGcHK a YddV) s použitím kinetické analýzy enzymové aktivity a metod strukturní biologie. Dalším cílem bylo prozkoumat interproteinový přenos signálu mezi proteinem AfGcHK a jeho interakčním partnerem RR proteinem. V neposlední řadě byl zkoumán vlivu sulfidu sodného na katalytické vlastnosti proteinů EcDOS, AfGcHK. Výsledky kinetické analýzy odhalily, že redukce hemového železa a absence hemu v senzorové doméně výrazně snižuje enzymovou aktivitu...
|
|
|
Kinetická analýza enzymové aktivity modelových hemových senzorových proteinů
Prošková, Veronika ; Martínková, Markéta (vedoucí práce) ; Macek, Tomáš (oponent) ; Vítek, Libor (oponent)
CZ Předkládaná disertační práce se zabývá studiem hemových senzorových proteinů, které detekují plynné molekuly. Tyto proteiny se nachází především v bakteriálních systémech, kde se podílí na regulaci procesů, jako např. sporulace, rezistence k antibiotikům a další. Hemové senzorové proteiny jsou tvořeny dvěma doménami - senzorovou, která obsahuje molekulu hemu, jenž interakcí s plynnými molekulami ovlivňuje aktivitu druhé, funkční domény. Součástí této práce je rešerše, která shrnuje poznatky ohledně problematiky hemových senzorů. V další části jsme se zaměřili na studium tří senzorových hemoproteinů, a to histidinkinasy AfGcHK, diguanylátcyklasy YddV a fosfodiesterasy EcDOS. Hlavním cílem předkládané práce bylo objasnit mechanismus intraproteinového/interdoménového přenosu signálu u hemových senzorových proteinů s globinovým uspořádáním senzorové domény (AfGcHK a YddV) s použitím kinetické analýzy enzymové aktivity a metod strukturní biologie. Dalším cílem bylo prozkoumat interproteinový přenos signálu mezi proteinem AfGcHK a jeho interakčním partnerem RR proteinem. V neposlední řadě byl zkoumán vlivu sulfidu sodného na katalytické vlastnosti proteinů EcDOS, AfGcHK. Výsledky kinetické analýzy odhalily, že redukce hemového železa a absence hemu v senzorové doméně výrazně snižuje enzymovou aktivitu...
|
|
|
Preparation of a plasmid, its expression and preliminary isolation of MafK protein - the interacting partner of heme sensor Bach1
Mihalčin, Peter ; Martínková, Markéta (vedoucí práce) ; Stráňava, Martin (oponent)
Bakalárska práca Abstrakt Senzorové proteíny detekujúce hem sú skupina hemoproteínov, ktorým slúži hem ako signálna molekula. Asociácia alebo disociácia hemu a hem-detekujúceho senzorového proteínu má vplyv na reguláciu mnohých fyziologických procesov riadených týmito proteínmi. Príkladom je regulácia enzýmovej aktivity alebo génovej expresie. Predkladaná bakalárska práca sa zaoberá hemovým senzorovým proteínom Bach1 a jeho interakčným partnerom, transkripčným faktorom MafK. Bach1 patrí do skupiny transkripčných faktorov s represívnymi účinkami. Cieľovými génmi, ktoré Bach1 reguluje, sú gény enzýmu hemoxygenáza, ktorá riadi degradáciu voľného hemu v bunkách. Bach1 interaguje s nadbytkom voľného hemu v bunke. Táto interakcia inaktivuje represívny účinok Bach1 a v konečnom dôsledku je v prípade nadbytku voľného hemu hemoxygenáza exprimovaná. V medziach fyziologickej koncentrácie hemu v bunkách proteín Bach1 s hemom neinteraguje a väzbou na regulačné oblasti cieľových génov inhibuje ich expresiu. Bach1 sa dokáže viazať na DNA iba v kooperácii so svojim interakčným partnerom, transkripčným faktorom MafK. Teoretickú časť tejto bakalárskej práce tvorí zhrnutie doterajších poznatkov o transkripčných faktoroch Bach1, MafK, ich vzájomnej interakcii a väzbe na DNA ako aj neodmysliteľný vplyv hemu na ich spoločnú...
|
|
|
Mechanismus přenosu signálu hemovými senzorovými proteiny detekujícími kyslík
Stráňava, Martin ; Martínková, Markéta (vedoucí práce) ; Obšil, Tomáš (oponent) ; Macek, Tomáš (oponent)
CZ Hemové senzorové proteiny, které detekují plynné molekuly, hrají v bakteriální fyziologii důležitou roli v regulaci mnoha procesů jako je např. buněčná diferenciace, virulence, tvorba biofilmu nebo mezibuněčná komunikace. Jejich struktura se vyznačuje typickou modulární architekturou, kde různé senzorové domény (nejčastěji na N-konci) regulují aktivitu katalytických neboli funkčních domén (nejčastěji na C-konci). V této disertační práci jsme se zaměřili na studium tří zástupců ze skupiny senzorových proteinů detekujících kyslík a to histidinkinasy AfGcHK, diguanylátcyklasy YddV, fosfodiesterasy EcDOS a dále na studium proteinu RR, který je interakčním partnerem AfGcHK. Hlavním cílem disertační práce bylo prostudovat intraproteinový/interdoménový přenos signálu u dvou zástupců hemových senzorových proteinů s globinovým uspořádáním senzorové domény (AfGcHK, YddV) a u jednoho zástupce s PAS uspořádáním senzorové domény (EcDOS). Dalším cílem bylo popsat interproteinový přenos signálu u dvousložkového systému AfGcHK-RR a strukturně charakterizovat tyto dva interakční partnery. Důraz byl kladen také na studium interakce modelových senzorových domén s různými signálními molekulami a popis funkce jednotlivých aminokyselin účastnících se vazby těchto signálních molekul. Studiem...
|
|
|
Příprava a charakterizace bakteriálního proteinu YddV (globin obsahující kyslíkový senzor s diguanylát cyklasovou aktivitou)
Křížová, Věra ; Martínková, Markéta (vedoucí práce) ; Man, Petr (oponent)
Hemoproteiny jsou velmi důležité pro správnou funkci organismů, ať už se jedná o prokaryota nebo eukaryota. Mezi ty nejznámější se řadí myoglobin, hemoglobin, různé peroxidasy nebo cytochromy. Nově byla tato skupina proteinů rozšířena o hem obsahující senzorové proteiny. Jedná se o proteiny složené ze dvou domén. Senzorové, která je schopna detekovat signál (hem nebo plyn), a funkční, která je často enzymem nebo transkripčním faktorem. Aktivita funkční domény závisí na koncentraci signální molekuly, jejíž vazba na senzorovou doménu způsobuje změnu struktury této domény a následnou změnu struktury domény funkční. Hem obsahující senzorové proteiny se dále dělí na hem detekující a plyn detekující proteiny. Hem detekující proteiny mají mnoho společných znaků, například vazbu hemu na thiolátový zbytek cysteinu, CP motiv atd. Plyn detekující proteiny detekují molekulu plynu, nejčastěji se jedná o kyslík, oxid uhelnatý a oxid dusnatý. V minulosti byla provedena řada studií zaměřených na hem obsahující senzorové proteiny, avšak stále není znám mechanismus přenosu signálu ze senzorové domény na funkční doménu. Cílem této práce je literární shrnutí dosavadních poznatků o hem obsahujících senzorových proteinech se zaměřením na plyn detekující proteiny. V praktické části práce byl amplifikován a izolován plasmid...
|
|
|
Důležité role hemu: signál pro hem-detekující proteiny a detekční místo v plyn-detekujících proteinech
Fojtíková, Veronika ; Martínková, Markéta (vedoucí práce) ; Hudeček, Jiří (oponent)
Hem-obsahující senzorové proteiny jsou hemoproteiny, které jsou rozděleny do dvou skupin: hem-detekující a plyn-detekující proteiny. Funkce hem-detekujících proteinů je ovlivněna koncentrací hemu v okolí proteinu. Prostřednictvím navázání hemu k hem-detekujícímu proteinu (nebo naopak disociace hemu z hem-detekujícího proteinu) jsou ovlivněny mnohé fyziologické procesy v organismu, jako například regulace enzymové aktivity nebo interakce proteinu s DNA a další funkce, které jsou nezbytné pro přežití buněk. Plyn-detekující proteiny obsahují pevně vázanou molekulu hemu, ke které jsou vázány molekuly plynu (např. kyslík, oxid uhelnatý nebo oxid dusnatý) v závislosti na koncentraci molekul plynu. Navázání molekuly plynu k plyn-detekujícímu proteinu, aktivuje mechanismus, jehož prostřednictvím dochází k ovlivnění fyziologických procesů v organismu, jako například regulace enzymové aktivity nebo interakce proteinu s DNA. V této bakalářské práci jsou shrnuty dosavadní zjištěné poznatky o těchto hemoproteinech, publikované v odborných časopisech. Experimentální část této bakalářské práce se zabývá konkrétním modelovým hem-obsahujícím senzorovým proteinem. Je jím histidin kinasa s globinovou strukturou senzorové domény, izolovaná z mikroorganismu Anaeromyxobacter sp., kmen Fw 109-5 (AfGcHK). Náplní experimentální...
|
host ::
RSS.